AndroidからiPhoneへ機種変更する時に、旧端末のAndroidのマイナンバーカードを削除せずにiPhoneのマイナンバーカードを利用できますか。

できません。旧Android端末にAndroidのマイナンバーカードが搭載された状態では、新しいiPhoneでiPhoneのマイナンバーカードと同時に利用することはできません。

iPhoneにiPhoneのマイナンバーカードを追加すると、旧Android端末のAndroidのマイナンバーカードは自動で削除されます。
以降は新しいiPhoneでのみ利用できます。