AndroidからiPhoneへ機種変更する時に、旧端末のAndroidスマホ用電子証明書を削除せずにiPhoneのマイナンバーカードを利用できますか。

できません。旧Android端末にAndroidスマホ用電子証明書が搭載された状態では、新しいiPhoneでiPhoneのマイナンバーカードと同時に利用することはできません。 
iPhoneにiPhoneのマイナンバーカードを追加すると、旧Android端末のAndroidスマホ用電子証明書は自動で失効します。
以降は新しいiPhoneでのみ利用できます。