マイナンバーカード用電子証明書は、マイナンバーカードのICチップ内に格納された電子証明書です。
署名用電子証明書と利用者証明用電子証明書の2種類があります。
Androidスマホ用電子証明書は、スマートフォンのGP-SE（セキュリティ機能を持つICチップ）に格納された電子証明書です。
スマホ用署名用電子証明書とスマホ用利用者証明用電子証明書の2種類があります。
両者はそれぞれ別のもので、1人あたり最大4種類の電子証明書を取得できます。
一部の対応機種では、スマホ用利用者証明用電子証明書の利用時に、数字4桁のパスワード入力の代わりに生体認証を使用できます。
なお、Androidスマホ用電子証明書の利用申請・登録にはマイナンバーカードの署名用電子証明書が必要です。
また、マイナンバーカード用電子証明書が失効すると、Androidスマホ用電子証明書も失効します。