アプリを起動するiOSの機能（Universal Links）が正常に動作していないことが原因で発生した可能性があります。
以下の対応をお試しください。
【1】マイナアプリのインストールまたは、再インストールをする
再インストールする場合のアプリのアンインストール方法
1.アンインストールしたいアプリのアイコンを長押しする
2.表示されたメニューから「アプリを削除」→「アプリを削除」をタップして確認する
【2】デフォルトブラウザ設定をSafariに変更する
1.「設定」を開いて「アプリ」をタップし、「Safari」をタップする。
2.「デフォルトのブラウザApp」をタップし、「Safari」を選択する。
【3】マイナアプリで開く
1.ご利用のブラウザでマイナポータルのトップページにアクセスする
2.ログインボタンをタップする
3.画面上部に「マイナアプリで開く」バナーが表示された場合、「開く」ボタンをタップする。
【4】Safariの「デスクトップ用Webサイトを表示」設定をリセットする
1.iPhoneのホーム画面から「設定」をタップする。
2.「アプリ」をタップする。
3.「Safari」をタップする。
4.「デスクトップ用Webサイトを表示」をタップする。
5.「デスクトップ用Webサイトを表示」画面で「編集」をタップし、マイナポータルのドメイン「myna.go.jp」にチェックを付けて「削除」をタップする。
※デスクトップ用Webサイトを表示の設定をオフにするだけでは解消されませんので、手順5のとおり完全に削除してください。
※「編集」がタップできない場合は、「デスクトップ用Webサイトを表示」の設定をオフに設定ください。